Rukoushuoneen rakentaminen alkoi vuonna 1893. Työ tehtiin talkoilla. Rukoushuone vihittiin pyhään tehtäväänsä 30.6.1898. Rukoushuoneen ylläpitämiseksi on toiminut ompeluseura vuodesta 1925.
Ompeluseura lahjoitti 30-vuotisjuhlaan Anna Sahlstenin maalaaman alttaritaulun, joka esittää Vapahtajaa kutsumassa luoksensa työtätekeviä ja raskautettuja. Samana vuonna Arvid Hempura lahjoitti urkuharmoonin nuorena kuolleen tyttärensä muistolle. Pengonpohjan Rukoushuoneyhdistys perustettiin vuonna 1932.
Rukoushuone maalattiin 40-vuotisjuhlaan B. Strömmerin suunnitelman mukaan. Silloin hankittiin myös uudet alttarivaatteet ja kynttilänjalat sekä alttarille että saarnatuoliin. Sähköt kirkkoon tuli 50-vuotisjuhliin mennessä.
Rukoushuone on avoinna tilaisuuksien ja tapahtumien yhteydessä.
